1347年10月，黑死病首次在欧洲抵达西西里，地点是梅西纳（messina）。
在15至18世纪，随着大量来自伯罗奔尼撒（peloponnese）和阿尔瓦尼特人（arvanites）的大规模移民，西西里再度受到东正教及希腊语和阿尔瓦尼卡语的影响，他们逃避奥斯曼帝国对伯罗奔尼撒的征服而迁移到西西里。
1492年西班牙宗教裁判所的开始，导致费迪南德二世下令驱逐所有西西里的犹太人。
1542年和1693年，岛的东部遭遇了毁灭性地震。
就在后一次地震发生前几年，岛上还遭受了一场瘟疫。
1693年的地震导致估计有六万人遇难。
在17世纪期间发生的几次叛乱被武力镇压，尤其是巴勒莫和梅西纳的叛乱。
北非奴隶袭击使沿海的定居活动受到抑制，直到19世纪。
1713年乌得勒支条约（treaty of utrecht）将西西里割让给萨沃伊家族（house of savoy），然而，这段统治只持续了七年，之后与奥地利哈布斯堡王朝的查理六世交换了撒丁岛。
当奥地利人专注于波兰王位继承战争时，来自西班牙的波旁王子查尔斯。
最初，西西里得以保持作为一个独立王国的个人联盟，而波旁家族则从那不勒斯统治着整个王国。
然而，拿破仑的法兰西第一帝国的到来使那不勒斯在坎波特涅塞战役（battle of campo tenese）中沦陷，波拿巴王国的国王被任命。
波旁家族的费迪南德三世（ferdinand iii）被迫撤退到西西里，他仍在英国海军的保护下掌控着这个岛屿。
随后，西西里加入了拿破仑战争，英国的威廉·本廷克（lord william bentinck）在岛上建立了军事和外交存在，以保护免受法国入侵。
西西里志愿者加入了英国军队，组成了皇家西西里团（royal sicilian regiment），在梅达战役（battle of maida）中参战，随后转移至伊比利亚半岛。
在战争胜利后，西西里和那不勒斯正式合并为波旁王朝统治下的双西西里（two sicilies）。
1820年和1848年，反对波旁政府的大规模革命运动在西西里爆发，西西里寻求独立。
其中1848年的革命导致了西西里短暂的独立。
然而，在1849年波旁家族重新夺回了对岛屿的控制，并统治至1860年。
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由朱塞佩·加里波第（giuseppe garibaldi）领导的千人远征（expedition of the thousand）于1860年占领了西西里，成为复兴运动的一部分。
征服始于马尔萨拉（marsala），当地西西里人加入他攻占意大利南部。
加里波第的行军最终以围攻加埃塔（gaeta）结束，在那里最后一位波旁王朝（bourbons）成员被驱逐，加里波第以撒丁王国（kingdom of sardinia）维克托·伊曼纽尔二世（victor emmanuel ii）的名义宣布他为独裁者。
西西里在1860年10月21日的公投中成为撒丁王国的一部分，超过75%的西西里人支持合并（尽管并非所有人都被允许投票）。
因此，在1861年3月17日，西西里成为意大利王国（kingdom of italy）的一部分。
尽管意大利王国在现代基础设施方面进行了大量投资，西西里的经济（以及更广泛的梅佐乔尔诺（mezzogiorno）经济）在意大利统一后依然相对不发达，这导致了一波前所未有的移民潮。
1894年，被称为西西里法西（fasci siciliani）的工人和农民组织抗议岛上恶劣的社会和经济状况，但几天内就遭到镇压。
1908年12月28日的梅西纳地震（messina earthquake）导致超过80,000人遇难。
这一时期也标志着西西里黑手党（sicilian mafia，亦称为cosa nostra）与意大利政府首次接触。
黑手党的起源仍不确定，但普遍认为它在18世纪初期以私人执法者的角色出现，雇佣来保护地主和商人的财产免受经常袭击乡村和城镇的强盗（briganti）侵害。
意大利王国对抗黑手党的斗争充满争议和模糊。
意大利宪兵（carabinieri，意大利的军事警察）和有时意大利军队常常参与与黑手党成员的斗争，但由于黑手党与地方政府之间的秘密合作，以及意大利司法系统的薄弱，他们的努力往往无效。
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在1920年代，法西斯政权开始对黑手党采取更强硬的军事行动，由被称为“铁总督”（iron prefect）的切萨雷·莫里（cesare mori）领导，他因铁腕运动而闻名。
这是首次针对西西里黑手党的行动取得了显着成功。
1943年7月10日，盟军对西西里展开了侵攻。
为了准备这次入侵，盟军重新激活了黑手党以协助他们。
西西里的入侵导致了7月25日的危机。
总体而言，盟军的胜利者受到西西里的热烈欢迎。
意大利于1946年成为共和国，作为意大利宪法的一部分，西西里成为五个享有特殊地位的自治区之一。
意大利的部分土地改革和意大利政府的南方基金（cassa per il mezzogiorno，fund for the south）在1950年至1984年期间的特别资金帮助了西西里经济。
在此期间，岛上的经济和社会条件因公路和机场等基础设施的投资以及工业和商业区域的建设而普遍改善。
1980年代，黑手党在法官乔瓦尼·法尔科内（giovanni falcone）和保罗·博尔塞利诺（paolo borsellino）领导的另一次运动中受到削弱。
在1990年至2005年间，失业率从约23%降至11%。